Grand Paris Sud Est Avenir compte plusieurs instances politiques, destinées à associer les élus aux décisions et garantir un fonctionnement collégial.

Le Conseil de Territoire compte 74 élus désignés au sein des conseils municipaux de chacune des villes membres se réunissant au moins une fois par trimestre.

Le Bureau territorial est composé du Président, des 14 Vice-présidents et des 12 Conseillers délégués. Il a une fonction d’orientation, de préparation des décisions et de propositions sur tous les sujets entrant dans le champ des compétences de l’EPT. Il se réunit avant chaque conseil et à chaque fois que le Président le juge nécessaire.

Les commissions thématiques au nombre de 4 se réunissent avant chaque conseil pour examiner les points à l’ordre du jour et émettre un avis consultatif. Elles sont ouvertes aux élus municipaux dans le cadre de collèges associés.

• La 1^ère commission « Affaires générales et finances », compte 19 membres et a en charge les domaines suivants : finances et solidarités budgétaires, affaires générales, coopération décentralisée, démocratie locale, relations usagers, participation citoyenne, territoires connectés, innovation numérique, données.
  
  
• La 2^ème commission « Développement » compte 18 membres et a en charge les domaines suivants : aménagement, PLU, PLUI, RLPI, transports, déplacements, économie, promotion du territoire, enseignement supérieur, recherche, commerce, artisanat.
  
  
• La 3^ème commission « Cohésion » compte de 18 membres et a en charge les domaines suivants :  habitat, logement, patrimoine, politique de la ville, renouvellement urbain, accessibilité, handicap, lutte contre les discriminations, action sociale, santé, emploi, insertion, économie sociale et solidaire, équipements culturels et sportifs, prévention de la délinquance et sécurité, égalité des chances, égalité professionnelle femme/homme.
  
  
• La 4^ème commission « Développement durable, cadre de vie et quotidienneté » compte 18 membres et a en charge les domaines suivants : économie locale de proximité, circuits courts, agriculture, Projet Alimentaire Territorial (PAT), ambition écologique, Plan Climat Air Énergie Territorial (PCAET), transition énergétique, agro-quartiers, circulations douces, chemins de randonnée, tourisme, cadre de vie, eau, voirie, assainissement, gestion des déchets, production florale, propreté, hygiène, confection et livraison de repas, valorisation du patrimoine et des paysages, biodiversité, gestion des risques naturels.